Na het sterke optreden van Team Penske in de eerste vrije training is de tweede vrije training is ten prooi gevallen van Scott Dixon. De regerende kampioen leidde het veld met zes honderdste voorsprong op Dario Franchitti, die de snelste coureur van de eerste groep was. Verdedigend racewinnaar Danica Patrick volgde op de derde plaats, vlak voor Ryan Briscoe. Robert Doornbos stelde opnieuw teleur met de 22ste tijd.

Na het stralende weer van de eerste vrije training was het weer in Japan omgeslagen voor de tweede vrije training en vond deze onder bewolkte omstandigheden plaats. De training moest zelfs kortstondig stil worden gelegd vanwege lichte nevel.

Franchitti zette in de eerste groep de snelste tijd neer, waarna de tweede groep er een zware kluif aan had om deze tijd te verbeteren. Pas in de slotminuten slaagde Chip Ganassi Racing teamgenoot Dixon er in om met nieuwe banden voorbij zijn teamgenoot te gaan.

Opnieuw vond de training zonder enige incidenten plaats. Vanwege de verwachtte regen in Motegi is de kwalificatie vervroegd naar 8:00 uur Nederlandse tijd.

Volledige uitslag van de 2e vrije training op Motegi Oval