In de kwalificatiesessie voor de Indy Japan 300 heeft Penske op dominante wijze de voorste plaatsen gepakt. Helio Castroneves won de strijd tussen de teamgenoten door halverwege de sessie de snelste tijd neer te zetten. Daarvoor stond Dario Franchitti vooraan, maar de Schot zou achter de drie Penske Racing-coureurs als vierde eindigen. Omdat Ryan Briscoe en Will Power, die beide een vrije training op hun naam hadden gezet, pas aan het eind in actie mochten komen bleef het spannend. Geen van beide kon echter Castroneves nog van de eerste plaats stoten.

Briscoe kwam het dichtst in de buurt en start dus naast Castronese op de eerste rij. De tweede rij op de Twin Ring Motegi bestaat uit Power en Franchitti. De andere Ganassi coureur, Scott Dixon, kende een teleurstellende kwalificatie en zal zich van de elfde plaats naar voren moeten werken.

Achter de top vier was het Andretti Autosport dat zich weer in de buurt van de voorste plaatsen liet zien. Net als Penske was er weinig verschil te vinden tussen de wagens van het team. Marco Andretti, Tony Kanaan en Ryan-Hunter-Reay starten vijfde, zesde en zevende. Alleen Danica Patrick stond iets verder terug met een twaalfde plaats.

Takuma Sato wist zich bijzonder goed te herstellen van de crash in de ochtendtraining. Met een ongetwijfeld nog niet perfect afgestelde wagen reed de KV-Racing coureur naar de tiende plaats, direct achter teamgenoot E.J. Viso en Dan Wheldon.

Volledige uitslag van de kwalificatie op Motegi Oval