Hoewel de dominantie uit de voorgaande trainingen er niet was, wist Bourdais ook in de tweede kwalificatie de snelste tijd te noteren en daarmee de pole voor de Grand Prix of Houston op te eisen. Kampioenschapsleider Will Power reed zich naar de tweede startplaats, op de voet gevolgd door Justin Wilson. Robert Doornbos had veel last van verkeer en reed zijn snelste tijd al in de eerste ronde op nieuwe banden; een dertiende plaats viel hem ten deel.

Al vroeg in de training moest de sessie stilgelegd worden. Niet voor het eerst dit weekeinde was het Katherine Legge die haar wagen liet afslaan na een spin. Het zou haar een straftijd van acht minuten en haar snelste kwalificatieronde kosten, waardoor ze de training tevens als laatste afsloot.

Sebastien Bourdais, die net als vele anderen in zijn eerste stint op de zachte alternatieve banden de baan op ging, zette al direct de uiteindelijke poletijd neer in een tijd die een volle seconde sneller was dan de vrijdagkwalificatie.

De enigen die nog een beetje van deze tijd in de buurt wisten te komen waren Will Power op één tiende en Justin Wilson op twee tiende. De rest van het veld, aangevoerd door de best geklasseerde rookie Neel Jani, moesten meer dan een halve seconde toegeven.

Door een spin van Bruno Junqueira in de slotminuten moest de sessie vroegtijdig worden beëindigd, waardoor veel coureurs hun laatste run moesten afbreken en de tijd niet meer konden verbeteren, waaronder ook Robert Doornbos. Doornbos zal hierdoor nog achter zijn teamgenoot vanaf de dertiende startplaats de race moeten aanvangen.

De Grand Prix of Houston zal zondagavond om 21 uur Nederlandse tijd van start gaan.