Justin Wilson was nog geen enkele training dit weekend het snelste geweest, maar pakte tijdens de tweede en afsluitende kwalificatie wel verrassend de pole position. De winnaar van de race van vorig jaar was een fractie sneller dan AJ Allmendinger, terwijl Bourdais met een tiende van een seconde achterstand als derde eindigde. Jan Heylen was beste Benelux rijder op plaats dertien, vlak voor Charles Zwolsman.

De sessie startte na zeven minuten met een harde klap van Dan Clarke, die zijn wagen bij het aanremmen van bocht drie verloor en aan de linkerkant de muur in schoot. Vervolgens gleed de jonge Brit de uitloopzone in, waar hij in de bandenstapels tot stilstand kwam. Door de rode vlag die hierdoor de training vijf minuten stil legde, verliep het vervolg van de training hectisch.

Toen de baan weer werd vrijgegeven kwam vrijwel het hele Champ Car veld tegelijk de baan op, waardoor veel coureurs last hadden van verkeer. Toch lukte het Bourdais en Allmendinger om het gevecht om pole position, die ze een dag eerder waren gestart, voort te zetten en met vijf minuten op de klok leidde Allmendinger vlak voor Bourdais. Voor de Amerikaan was dit het teken om de kwalificatie voor gezien te houden en de Forsythe rijder kwam terug in de pit en stapte uit.

Van Bourdais kwam geen antwoord, want de Fransman werd diverse malen in de weg gereden. Hij kwam nog wel dichtbij zijn eigen tijd, maar wist de rondetijd van Allmendinger niet meer te parreren. Toen kwam opeens Justin Wilson uit de onverwachte hoek, hij wist een schone ronde te rijden zonder last te hebben van verkeer en door hiermee verassend met 0.082 seconde onder de tijd van Allmendinger.. Allmendinger en Bourdais hadden op deze tijd geen antwoord meer en moesten genoegen nemen met een plaats achter de nummer twee in het kampioenschap.

Charles Zwolsman en Jan Heylen hadden veel pech met de rode vlag die door Dan Clarke werd veroorzaakt. Beide coureurs hadden net hun banden op temperatuur gebracht toen rode vlag uit kwam. Na de rode vlag hadden ze niet meer de vrije baan die ze anders zouden hebben waardoor ze mede niet verder kwamen dan de dertiende (Heylen) en veertiende (Zwolsman) positie.

Volledige uitslag van de 2e kwalificatie op Toronto